Pe măsură ce Virusul Fructului Rugose Brun Roșii infectează plantele de tomate și ardei din întreaga lume, companiile de semințe lucrează la creșterea unei roșii rezistente.
Resurse genetice și genomice bogate au fost disponibile crescătorilor de tomate chiar înainte de începerea proiectelor de secvențiere genomică a tomatelor. Colecții mari de germoplasmă de tomate au fost stabilite de mult timp în mai multe locații. Peste 75,000 de accesări de roșii sunt conservate în băncile de gene din întreaga lume. Una dintre cele mai mari este banca de gene USDA din Geneva, NY.
Secvențierea genomului de tomate a fost inițiată în 2005 ca un efort multinațional între 14 țări și finalizată în 2012. Aceste eforturi au fost mult accelerate prin aplicarea inteligenței artificiale, a învățării automate și a algoritmilor avansați pentru a analiza cantități mari de date genetice și fenotipice.
Pan-genomul de tomate
Cercetătorii de la Institutul Boyce Thompson au creat în 2020 un genom de referință de înaltă calitate pentru roșiile sălbatice pentru a produce un pan-genom de roșii mai complet și mai util. Ei au descoperit secțiuni ale genomului care stau la baza aromei, mărimii și coacerii fructelor, toleranței la stres și rezistenței la boli. Datorită în parte tehnologiilor de ultimă oră de secvențiere care pot citi bucăți foarte lungi de ADN, genomul de referință este mai complet și mai precis decât baza de date existentă.
Tehnologiile mai vechi de secvențiere care citesc bucăți mai scurte de ADN identifică mutațiile la nivel de bază unică. Cu toate acestea, ei nu sunt buni să găsească variante structurale, cum ar fi inserții, ștergeri, inversiuni sau duplicari ale unor bucăți mari de ADN.
În 2019, un grup internațional de cercetători a construit un pan-genom de roșii folosind secvențe de genom din 725 de soiuri reprezentative filogenetic și geografic. Această bază de date include 4,873 de gene care nu au fost găsite în genomul de referință original. Analizele variației prezente/absente au evidențiat pierderi substanțiale de gene și selecție negativă intensă a genelor și a promotorilor în timpul domesticirii și îmbunătățirii roșiilor.
Citiți articolul complet pe www.seedworld.com.